A diagnózis felállítása gasztroenterológiai centrumokban történik. Gyanú esetén a gondos vizsgálat mindig a beteg kikérdezésével kezdődik. Az orvos feltérképezi, van-e lisztérzékeny a családban, mióta, milyen tüneteket észlelt magán a beteg, majd a külső tüneteket veszi sorra. Ezután a diagnózis néhány célzott vizsgálattal rövid idő alatt és megbízhatóan kideríthető.

A cöliákia diagnózisához az (1) alultápláltság megállapításán kívül egyrészt ki kell mutatni a (2) cöliákia-specifikus (cöliákiára jellemző) ellenanyagokat a vérszérumból végzett ellenanyag-vizsgálatokkal (ún. szerológiai vizsgálat), másrészt (3) a vékonybél-biopsziával (szövetmintavétellel) a következő jellemzőket kell igazolni: a vékonybél-bolyhok megfogyatkozását, sérülését (boholy-atrófia), valamint a gluténmentes diéta határára a tünetekben bekövetkező javulást. Ehhez fontos, hogy a beteg ne hagyja el étrendjéből a glutént mindaddig, míg az első vékonybél-vizsgálat meg nem történik, ez ugyanis az egyetlen teljesen megbízható mód a diagnózisra.

Elsőként általában vérvizsgálatot végeznek.

Szerológiai, cöliákia-specifikus ellenanyag-vizsgálat:

Az új és korszerű szerológiai vizsgálatoknak nagy szerepe van a nem típusos tünetekkel jellemzett lisztérzékenység felderítésében. A betegségre jellemző ellenanyagok, - lévén, hogy genetikailag meghatározott, krónikus gyulladásos, T-sejtes autoimmun-reakcióról van szó, - minden cöliákiás vérében megtalálhatók. A vékonybél-vizsgálatot azonban nem helyettesítheti, mert annál kevésbé megbízható. A lisztérzékenység megállapítása és szűrése, illetve a gluténmentes diéta betartásának ellenőrzése a legjobb tesztek a vérszérumban lévő gliadin-ellenes, endomysium-ellenes (EMA=endomysial antibody) és a transzglutamináz-ellenes, IgA vagy IgG típusú antitestek (tTG) kimutatásával történik.

Az endomysium kötőszöveti fehérje, ami a vékonybél finom izomrostjait veszi körül. Az ellenük termelődő antitestek kimutatását a vékonybélből nyert szövetmintán is elvégezhetik.

A szöveti transzglutaminázok a bélben termelődő enzimek, az okoknál leírt kórfolyamatnál már volt róluk szó. Itt csak azt emeljük ki, hogy a közreműködésükkel keletkező autoantigének nagyon stabil szerkezetűek, ezért a kiváltott immunválasz is hosszantartó. Míg a gluténmentes diéta betartása akár két hét alatt is javulást eredményezhet, addig a kóros antitestek jelenléte viszonylag tartós, csaknem fél év szükséges mennyiségük csökkenéséhez. Egy éve folytatott diéta után várható normális antitest-szint, illetve a specifikus antitestek eltűnése.

Az antitestek koncentrációja a vérben arányban áll a betegség súlyosságával, és jól lehet belőle a következtetni a betegség lefolyására.

A gliadinra adott immunválasz során keletkezett antitestek kimutatása azért is fontos, hogy a betegséget el lehessen különíteni a glutén-beviteltől teljesen független, de ugyancsak bélboholy-atrófiával járó egyéb betegségektől (tehéntej-allergia, giardiázis, különböző vírusos fertőző betegségek).

Az ellenanyag-szintek rendszeres, évenkénti ellenőrzésével ellenőrizhető a diéta betartása.

A szerológiai vizsgálatok mellett a vashiányos anémia, B12- és K-vitamin-, cink-, kalcium- és magnéziumhiány jelei is feltűnőek.

Vékonybél-biopszia:

A bélbolyhok állapotát endoszkópos szövetmintavétellel vizsgálják, amit általános vagy helyi érzéstelenítésben végeznek. A szájon keresztül a vékonybélbe vezetett eszközön keresztül apró mintákat vesznek a nyálkahártyából - többet, mert a jellemző eltérések foltosan is megjelenhetnek. Az endoszkópos vizsgálat mindössze néhány percig tart, utána a minták mikroszkópos szövettani vizsgálatra kerülnek. A beteg nyálkahártya lelapult, a bolyhok rövidek, a normálisnál szélesebbek, vagy hiányoznak.

A diagnózis ellenőrzésére rövid időre napi 20g glutént adnak a betegnek, majd megfelelő időben harmadik biopsziát is végeznek. Gyermekeknél egy év, felnőtteknél legalább két hónap szükséges a bélbolyhok jellegzetes atrófiájának újbóli kialakulásához. Cöliákiás betegnél a harmadik vizsgálatnál újból a vékonybél-nyálkahártya károsodása látszik.

A bélbolyhok vizsgálata alapján felállított diagnózis egyben kizárja más, hasonló tünetekkel járó betegségek lehetőségét, többek között az egzotikus nyaralás után jelentkező fertőző betegségekét, a trópusi sprue-t, a lisztallergiát vagy a laktóz intoleranciát.