A betegség kezelése a gluténmentes diéta szigorú betartása. Az étrendből el kell hagyni minden olyan ételt, amely búzát, árpát, zabot vagy rozst tartalmaz. Búzaliszt helyett rizs-, kukorica-, sárgaborsó- és szójalisztet, burgonya- és kukoricakeményítő használható. A garantáltan gluténmentes élelmiszerek csomagolásán szöveggel (pl. gluténmentes, gliadinmentes, lisztérzékenyek is fogyaszthatják) vagy grafikusan jelölik a gluténmentességet.

A diéta első heteiben kedvező a banánt, almát, aludttejet, túrót, főzelékeket és sovány húst tartalmazó diéta. Kezdetben a természetes cukrokkal (diszacharidokkal) csínján kell bánni.
A diéta bevezetése után már két héttel gyors javulás következik be, a székletürítés ritkul, mennyisége normálisra csökken, az étvágy visszatér. A beteg testileg, hangulatilag jobban érzi magát, a fogyás megáll, a testsúly helyreáll. A bélbolyhok regenerálódása azért ennél lassúbb, legalább három hónap kell a szöveti kép javulásához. A regenerálódáshoz szükséges idő attól függ, mennyire volt súlyos állapotban a bélnyálkahártya. Idővel a nyálkahártya felszívóképessége is javul. A teljes regeneráció fél, egy év alatt történik meg.

A kezelés másik fontos eleme, főként a diéta kezdetén, amikor a felszívódás még nem tökéletes, a tápanyag-hiány tüneteinek enyhítése vitamin- és nyomelem-készítményekkel:
A zsírban oldódó vitaminokat nagy mennyiségben, injekcióban is szokták adagolni. Pótlásukkal megszűnik például a véralvadási zavar, ha K-vitamin adásával újból elegendő, a véralvadásban szerepet játszó protrombin termelődik. A D-vitamin hiányának pótlása a csontok anyagcseréjének javulását eredményezi. A kalcium és magnézium felszívódási zavara miatti görcsök veszélyét csökkenti az ásványi anyagok pótlása.

Fontos, hogy lisztes, illetve glutén-tartalmú ételeket akkor sem szabad fogyasztani, ha azokban csak nyomokban található meg a cöliákiások számára toxikus gliadin! A helyesen betartott diéta nem okozza egyetlen tápanyag hiányát sem.
A cöliákiás betegnek egész életében tartani kell a gluténmentes diétát. A nem diétázóknál azonnal visszatérnek a tünetek, hosszú távon pedig nő a malignus béldaganatok kialakulásának kockázata.

A glutén elhagyásával gyakran kevesebb rost kerül a tápcsatornába, ezért székrekedés jelentkezhet. Megelőzéseképpen sok gyümölcsöt és zöldséget kell fogyasztani, esetleg hashajtóhoz is lehet folyamodni. Súlyos felszívódási zavar és erős hasmenés esetén, úgynevezett coeliakiás krízisben intravénásan pótolják a szervezetből eltávozott folyadékot, a vérplazmát és a létfontosságú ionokat, káliumot, nátriumot, kálciumot.
Ritkán, ha gluténmentes táplálkozás mellett sem javulnak a tünetek, akkor az immunrendszer túlzott reakciójának megfékezésére szteroidokat adagolnak.

A diétázó gyerek egészséges társaihoz hasonlóan fejlődik. A diétától eltekintve minden beteg teljes életet élhet, fontos, hogy ne tekintse magát betegnek.